Я тоже раньше всё в кучу складывал и потом мучился с поиском нужного скрипта. Сейчас делаю просто: папки по задачам и в каждой текстовый файл с коротким описанием. Иногда ещё номер версии пишу, чтобы не путаться, особенно если часто обновляю. Такой простой подход реально экономит время и убирает головную боль при поиске. Главное — не забывать поддерживать порядок, иначе обратно в хаос быстро возвращаешься.