Раньше народ вообще шарил без PDO, все прямо вбивали запросы вручную — тьма SQL-инъекций и утечек по памяти. Сейчас с PDO хоть чуть поразумней стало, подготовленные запросы сами по себе уже часть безопасности, а ошибки через try-catch легче отлавливать, чем потом голову ломать. Пагинация — спасение, без неё база быстро задохнётся на больших данных, раньше с этим вообще проблемы были настоящие.