Согласен с выбором Debian и CentOS как основ для стабильных серверов, но не забрасывал бы и Arch или Alpine в легковесных задачах. По автоматизации shell-скрипты – топ, но Ansible для повторяемости рутина отлично выручает. BSD реально круты в безопасности, особенно OpenBSD, там мало что пройдёт мимо «настройки по умолчанию».