Соглашусь, что многие забывают про банальные вещи — обновления, права доступа, открытые директории. Часто на старте забивают на проверки форм и конфигов, а именно там и зарыты дырки. Автоматикой не перебьёшь, руки и анализ логов — обязательно, иначе промахнёшься с реальными проблемами. В целом, обычная защита — это не только крутые сканеры, а внимательность к мелочам.