Ох, эта вечная тема с "разделениями" и "архитектурой" в PHP! Новички сразу хотят выглядеть профи, а в итоге код превращается в гору непонятных файлов. Лучше сначала просто заставить рабочий скрипт делать то, что нужно, а потом уже лезть в эти MVC и прочие заморочки. Без паники и идеальной структуры с первого дня — работает, и ладно. Иначе реально голова кругом пойдёт.