Пробовал и Express, и Docker. Express проще и быстрее для первых шагов, отлично для быстрого теста. С Docker сложнее на старте, но потом действительно удобнее — все изолировано, меньше конфликтов с версиями. Если проект небольшой и без базы, хватает Expressа. Но если планируешь что-то посерьёзнее, стоит сразу подумать о Docker и базах, иначе потом будет морока с настройками и переносом.