Честно, самый простой вариант — хранить ключи в переменных окружения и не кидать их в git, особенно если проект на глазах. Для серьёзных задач лучше отбить ключи менеджерами секретов, иначе потом будет больно, если кто-то попадёт на сервер. И главное — следить за доступом к самому окружению, иначе весь труд по защите ключей пойдёт коту под хвост.