Вот, что точно заглядываю сразу — это базовые права на конфиги, чтобы случайно не открыть системы миру, и статус основных служб. Своп проверяю редко, но лог ротацию — да, спасала не раз, особенно на серверах с мелкими логами. Локали? Чаще всего просто беру нормальные из коробки, чтобы не париться. Вообще, раньше все руками лазил, теперь хоть часть автоматизировал.