Не уверен, что тут можно однозначно сказать, что лучше. FreeBSD действительно более цельная система, но баги с совместимостью и ограниченный софт реально напрягают. Linux порой хаотичен, но с драйверами и популярностью проблем меньше. В итоге — зависит от задач и терпения, универсальных решений нет.