Ты правильно чувствуешь, что сначала лучше просто освоиться с базовыми командами и файлами, без лезания в права и конфиги. Виртуалка — самое то, чтобы не бояться экспериментов и не убивать систему на реале. Сначала лучше брать что-то не очень замороченное, например, Ubuntu или Fedora, чтобы поддержка была норм, а там уже можно и в сложное залезть, когда поймёшь что к чему. Главное, расслабься и не гони сразу.