Не уверен, что всегда дело в базе или кэшах. Бывает, просто код криво написан и никакая оптимизация запросов не спасёт, особенно если логика кучей циклов завязана. Но и серверное железо тоже не стоит сбрасывать со счетов, особенно на дешёвом хостинге — там много узких мест может быть.