Часто случается, что настройки в php.ini перекрываются настройками в виртуальном хосте или .htaccess, так что проверяй там тоже. Ещё полезно ставить set_error_handler и set_exception_handler — так можно ловить и логировать ошибки, которые PHP сам не кидает в error_log. И не забудь, что некоторые фаталки могут прерывать скрипт до логирования, так что просвечивай flux ошибок через try/catch в критичных местах.