Реально согласен, что простые фильтры и лимиты — база, без них вообще никак. Добавлю, что ещё полезно на уровне сервера логи постоянно смотреть, а то бывает, что атака может долго идти тихо и в какой-то момент бах — провал. Чем раньше заметишь, тем легче отбиться. Ну и всегда учитывай нагрузку, чтобы само антиддос не превратился в тормоз для нормальных юзеров.