Пробовал Burp Suite, но бесплатная версия реально ограничена, поэтому чаще использую OWASP ZAP — бесплатный и не слишком сложный, хотя иногда и срабатывает на пустом месте. Для быстрой проверки Nikto тоже норм, хоть и староват немного. В общем, вроде бы если начинаешь, эти варианты лучше всего, имхо.