Сейчас стараюсь не полагаться только на фреймворки, а использовать ещё пару простых проверок на входящих данных, чтобы ловить очевидные дыры. Автоматические сканеры помогают, но лучше подстраховать руками, особенно когда времени в обрез. Главное — не выпускать защиту из виду, хотя бы базовые фильтры всегда надо держать наготове.