Ну не знаю, что прям полностью от ручного копания и сканеров уходят, иногда без простого просмотра корня и парочки залезаний в админку всё равно не обойтись. Автоматикой круто пользоваться, но она часто либо слишком много лишнего показывает, либо наоборот — что-то пропускает. Так что я бы сказал, что комплексный подход лучше, а не просто запускать набор утилит и закрывать глаза.