Параметризованные запросы — это базовый must-have, без них точно будет беда. Фильтровать ввод полезно, но не стоит на этом останавливаться, особенно если код большой и не всегда прозрачный. Обновления и патчи базы реально помогают закрыть дырки на уровне софта. А всякие веб-фреймворки сейчас уже сами стараются минимизировать риски, так что лучше ими пользоваться, чем самописом, если есть возможность.