С правами на файлы согласен, там реально часто мелкие баги и путаница вылазит, особенно если цепочка пользователей длинная и смешанные UID. Но в целом не так уж часто создает серьезные проблемы — обычно базовые команды типа chmod и просто внимание помогают. Службы после обновлений иногда глючат, это да, приходится порой перезапускать и копаться, но это больше из-за несовместимостей в пакетах, чем что-то системное. На BSD с сеткой у меня пока полегче было.