Я обычно просто смотрю права на ключевые файлы типа конфигов и сразу стравливаю их на 600 или 400, если не нужно, чтобы веб-сервер писал. Там, где можно — ставлю 644, чтобы не мучиться с постоянными сменами. Скрипты — это круто, но я пока делаю вручную, так проще к ошибкам присмотреться, особенно если CMS не суперсложная. Важно просто не оставлять слишком открытые папки с чувствительными данными.