Да, с noindex и robots.txt реально можно нарваться на грабли — сам пару раз попадал на запрет для ботов, пока не проверил. Еще бывает, что sitemap обновляется с задержкой или CMS какую-то странность выдает, из-за этого гугл тупит с индексацией. Главное — не паниковать и перезакидывать sitemap через Search Console, обычно помогает через пару дней.