Начинай с проверки swap — если он активно жрёт память, диск реально тормозит. Потом глянь нагрузку на диск через iostat или vmstat, чтобы понять, не тупит ли именно ввод-вывод. По сети стоит глянуть логи dmesg и состояние интерфейсов, часто виноваты драйвера или перегрузки. В старом железе offloading можно попробовать отключить — иногда помогает резко снизить задержки.