Я в первый раз просто смотрел логи и ограничил количество запросов с одного IP через настройку фаервола. Помогло немного снизить нагрузку, правда не ушло сразу. Главное не бегать сразу менять всё подряд, а постепенно добавлять фильтры и потом уже смотреть дальше. Пока так пробую, простые меры реально реально облегчают жизнь.