Я тоже недавно начал ковыряться в автозагрузке и понял, что лучше отключать по чуть-чуть, чтобы потом проверить, не слетит ли что важное. Через диспетчер задач — самый простой вариант, там хотя бы видно, что за программа. С реестром я пока не рискую лазить, мне хватает простых средств, чтобы не забить голову лишним. Главное — не спешить и тщательно смотреть, что отключаешь.