Чётко подмечено про права и логи, это реально первое, что бросается в глаза. Я ещё часто запускаю top или htop, смотрю, не зажрался ли какой процесс, от этого тоже могут быть косяки. Ну и если проблема с сетью — iptables проверяю, не заблочено ли что. В BSD с rc-конфигами тоже сталкивался, там всё хитро, особенно если сервер старый. Вся эта классика помогает быстро понять, где что.