Сам давно такую же фигню решаю — делю утилиты по папкам на категории, чтобы не лазить по всей куче. Плюс полезно делать короткие заметки прямо в имени файла или рядом в текстовике, чтобы быстрый поиск сработал. Просто и реально спасает от хаоса.