Самая частая хрень у меня — это забыть фильтровать данные с форм, и потом фиг поймёшь, где баг завелся. Сессии тоже умеют создать ад, если запускать их в каждом файле по-отдельности — запутываешься быстро. Разделение логики и вывода помогает держать проект в порядке, только так не сгоришь на середине.