Если просто отключать в автозагрузке программы через диспетчер задач, почти не рискуешь угробить систему. Autoruns мощный, но без опыта там легко что-то сбить. Лучше не трогать процессы от Microsoft и системные службы, а перед чисткой сделать точку восстановления — это реально помогает, если что-то пойдет не так.