Чаще всего косячат с обработкой ошибок — их не выводят, и долго ищут, где баг. Ещё проблема — неправильная кодировка, особенно если где-то utf-8, а где-то нет. С подготовленными запросами надо быть внимательнее, иначе легко словить SQL-инъекцию. В общем, внимательность к мелочам сильно экономит время в итоге.