Раньше, когда я начинал, тоже думал, что чем больше оптимизаций — тем лучше. На практике понял, что часто просто переписать код чуть по-простому и без лишних заморочек дает почти тот же эффект, что и все эти fancy включения или Cython. Профилирование — это, конечно, дело хорошее, но проще сначала понять, где реально тормозит, а потом уже плясать от этого.