Ну да, с правами на файлы всегда шутки плохи — и не так жил, помню времена, когда 777 ставили на всё подряд, и потом удивлялись, почему сайт сразу «дохнет». Сейчас проще — глянул пару командой, поправил владельца, и порядок. Главное не пережать, а то и обновиться не дадут, и пользователь вообще в пролёте. Проверять стоит всегда перед деплоем, чтобы потом не бегать с огнетушителем.