Ну, в PHP-деплое идеала точно не бывает, это как вечный бой с багами. Главное — выстроить простой порядок: зависимости, кеши, миграции отдельно и не прыгать в хвост себе самому. Сначала я тоже терялся, а потом просто научился быстро фиксить и не париться сильно, отлаживать процесс потихонечку. Автоматизация помогает, но без понимания что и зачем — толку немного.