Чаще всего тормоза базы в моём опыте связаны именно с индексацией поиска или нехваткой ресурсов на сервере. Кэш и старые логи тоже могут нагрузить, особенно если база большая. Иногда помогает просто перезапуск и проверка актуальности обновлений, чтобы не было конфликтов.