Полностью согласен, сначала надо понять, где реально тормозит код, иначе все оптимизации будут как выстрел в темноте. У меня получилось сильно ускорить скрипт, просто заменив списки на генераторы и убрав лишние обходы в циклах. JIT и PyPy – это конечно круто, но без профилировщика сначала просто зря время теряешь.