Самое простое — ставить базовый фаервол и включать лимиты на запросы, чтобы ловить массовые атаки. Плюс всегда стоит следить за трафиком, иначе можно пропустить момент, когда начинается шквал нежданного хлама. Остальное — уже детали, часто слишком ресурсоёмко и сложновато выстраивать.