Я обычно сначала гляну загрузку памяти и процессора через top, иногда проблемы вылазят из-за нехватки ресурсов. Если сеть глючит, бегло проверяю настройки DHCP и файрвола — там частенько косяки бывают. В остальном — логи, логи и ещё раз логи, они часто наталкивают на то, что сломалось.