Слушайте, я тоже долго боролся с этими вечными глюками после заливки. Особенно кэш реально бесит — вроде заливаешь свежий код, а сайт упорно показывает старое. Поставил себе привычку скидывать всякие кэш папки и пару раз руками перезапускать сервер — помогает. Еще понял, что проще запускать composer прямо на сервере, тогда меньше шансов наломать дров. Пока учусь, но уже легче стало.