Из того, что сам юзаю — htop реально выручает, намного удобнее топа, и rsync для бэкапа. Для логов нравится journalctl, там всё просто и быстро. А если хочется что-то с графикой, иногда пользуюсь glogg — удобно искать по логам, не грузит систему сильно. Вроде простые, но реально всегда под рукой.