В основном глюки идут от железа, а уж потом от софта — поймал такой баг на старом HDD, система начинала тормозить без причины. Логи смотрю всегда первые, там часто всё видно, особенно dmesg и syslog — на Mac с Console проще, а тут подручными средствами. Еще не забываю проверить доступное место и что не накрылась файловая система, это частая беда.