Я тоже начинал с fail2ban и nginx limit_req — отлично помогают на базовом уровне, особенно для мелких проектов. Плюс обязательно брал бесплатный план Cloudflare — реально сглаживает всплески. Главное, не надеяться только на один инструмент, а комбинировать. Ну и мониторинг настроить, чтобы сразу видеть проблемы.