Пока только учусь, но стараюсь сначала проверить, чтобы все формы нормально работали и не было тупых ошибок в коде типа незакрытых скобок. Еще смотрю, чтобы никаких секретов в публичных файлах не было. Автоматический сканер иногда делаю, но всегда лучше руками хотя бы пройтись по критичным моментам — логинам, регистрации, чтобы не было глюков. Еще обновляю библиотеки, это вроде важно.