Начать с Linux проще, потому что там больше софта и проще найти поддержку новичкам, плюс дистры типа Ubuntu делают установку и первые шаги менее страшными. FreeBSD крута своей стабильностью и продуманностью, но она чуть более «серьёзная» и требует больше терпения для понимания. Если чувствуешь, что хочешь просто разобраться в базовых вещах — Linux, особенно с виртуалкой, будет более мягким стартом.