Сейчас в основном пользуюсь OpenVAS и иногда дополняю сканерами типа Nikto или WPScan для вебов. Быстрый прогон ловит базовые уязвимости, а дальше кастомные проверки помогают точнее понять, где косяк. Главное — не только найти дырку, но и проверить её, чтобы не гонять ложные срабатывания и потом не тратить время на лишнее.