Если только начинаешь, берись за Linux, лучше Ubuntu или Mint — там всё проще и больше софта сразу готового. FreeBSD крута, но сразу в неё залипать — неоправданно сложно, если не собираешься серьёзно сервера колхозить. Linux проще пробовать, если чего-то не пашет — гугл всегда подскажет, поддержка отличная, да и выбор огромный.