Django хорош, когда нужно быстро сделать проект с «всё включено» и не заморачиваться с выбором инструментов. Flask как раз для тех, кто любит собирать всё под себя, но тормозит с готовой структурой. FastAPI — пока новинка, но понятна и быстрый вариант для апи, особенно если у проекта асинхронность и современный питон. Выбор сильно зависит от задачи и масштабов.