Я обычно сначала смотрю нагрузку через top, часто бывает, что какой-то процесс вылетает и тянет диск или сеть. Пинг и traceroute всегда помогают понять, где задержка — локально или в сети. Ещё раз глянуть dmesg не помешает, иногда там ошибки по железу всплывают, особенно на FreeBSD с сетевыми картами. Ну и smartctl для проверки диска — базовая движуха.