Как старый системник скажу — часто виноват банальный swap, который съедает всю память, и диск начинает дрожать словно старый велосипед. Сеть — это тоже весело, иногда драйверы на неё просто забивают, особенно на старом железе. Заглянуть в логи и глянуть, не ставит ли кто-нибудь лишние фильтры или хосты — вот проверенное средство для начала. Ну и помните: в *nix проблема редко одна, обычно цепочка глюков.