Главная ошибка — это когда забывают включить отображение ошибок в PHP, и реально долгая отладка. Второй момент — частые проблемы с кодировкой, особенно если в базе и в скриптах utf-8, но где-то что-то не совпало, и в итоге кракозябры. При подготовленных запросах реально помогает bindParam, напрямую вставлять переменные — чуть ошибся, и SQL-инъекция не за горами.