Чисто по себе, у меня реально помогли списковые включения и замена вложенных циклов на сет. Профилировал как посоветовали — и понял, где именно тормозит. Вот просто тупо поменял структуру данных, и результат прямо заметен стал, без сложных плясок с компиляторами. Главное — сначала посмотреть, что реально нагружает, а не просто менять код подряд.