Для меня главный индикатор — резкий скачок трафика и много повторяющихся IP в логах. Часто помогает простая фильтрация по user-agent и rate-limit, особенно если по геолокации прилетают лишние запросы. Cloudflare реально выручал пару раз, когда нагрузка была жёсткая, но без кастомных правил как-то сложно бывает полностью отбиться. В общем, без мониторинга и базовых фильтров никак.