Согласен, в проверке уязвимостей важна простота и базовые вещи — права на файлы, обновления, SSL. Если влом копаться глубоко, хотя бы эти пункты не забывать. Автоматические сканеры помогают, но они не заменят живой взгляд — всегда найдётся что-то, что сам увидишь лучше машины. Главное — не пускать всё на самотёк и держать минимум защиты везде.